MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem Paciran Lamongan berdiri pada tahun 1957 atas prkarsa KH. Abdurrahman Syamsuri selaku Pimpinan Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah. Penandatangan SK Pendirian oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur No L.m./3/672/B/1983, tanggal 03/10/1983 dengan NSM : 121235240095 dan NPSN : 20582844 Untuk mengetahui sejarah dari MTs Muhammadiyah 2 tentunya tidak terlepas dari sejarah adanya Yayasan Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah Paciran.

Dalam perspektif sejarah, Pondok Pesantren merupakan kristalisasi sikap konfrontatif dan asketologis umat Islam setelah mereka mengalami kekalahan ketika behadapan dengan kolonialisme yang pada hakikatnya membawa nilai hidup yang betentangan dengan Islam yang pada giliriannya membentuk komunitas tersendiri. Kurang lebih demikianlah sehingga Pendiri Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah Paciran mempunya inisiatif untuk mendirikan Pesantren.

Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah Paciran yang didirikan pada Oktober 1948/1367 H. Oleh K.H Abd. Rohman Syamsuri (Almarhum) sebagai jawaban atas keprihatinan beliau terhadap nasib pendidikan dan perkembangan kehidupan keagamaan umat. Lebih dari itu kelahiran Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah Paciran disemangati oleh gerakan Wahabi dan usaha pemurnian pengamalan keagamaan menurut ajaran Islam yang benar dan jauh dari praktek TBC (Tahayyul, Bid’ah dan Churafat) yang mengarah kepada hidup syirik karena dipengaruhi oleh faham Animisme dan dinamisme atau faham peninggalan nenek moyang kita.

Sebagai perwujudan dari kepedulian pondok akan pendidikan dan konsisten dengan tujuan keberandaanya yaitu mendidik generasi muda agar mempunyai kemampuan lebih terutama kemamapuan membaca dan menghayati nilai Islam lewat berbagai referensi klasik mengkaji secara betul dan mentransfer ke masyarakat sebagai darma bhaktinya sudah barang tentu dibekali juga dengan kemampuan praktis/Ilmu-ilmu kekinian (Science and Knowledge) yang dapat digunakan untuk hidup. Bagaimanapun program tersebut memerlukan peningkatan dan pematangan, mengingat perkembangan zaman membutuhkan penyiapan Sumber Daya Manusia (SDM) yang multi dimensi ; mampu bertahan dari perubahan yang demikian cepat serta aplikatif sebagai akibat dari perkembangan IPTEK.

Untuk menindaklanjuti kebutuhan tersebut, maka Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah Paciran sejak tahun 1957 telah membuka pendidikan formal di bawah pembinaan Departemen Agama (DEPAG) yakni MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem.

Pada Tahun Pelajaran 1982/1983 terjadi pemisahan Administratif yang pada gilirannya menjadi lembaga pemasok madrasah pada tingkat sudahnya dan secara inisial, lembaga tersebut menjadi Madrasah Tsanawiyah Muhammadiyah Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah Paciran.

Sejak Pertama berdiri, MTs Muhammadiyah 2 Pondok Pesantren Karangasem Muhammadiyah Paciran menggunakan 3 kurikulum yaitu Kurikulum KEMENAG, Muhammadiyah dan Kepondokan. Akan tetapi dengan berjalannya waktu kurikulum di MTs ini bertambah dengan kurikulum Internasional Cambridge.

Mengawali tahun ajaran 2019 MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem meraih penghargaan Muhammadiyah Future School Jawa Timur dengan predikat “Muhammadiyah Excellent School” oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur. Sebuah prestasi yang sangat membanggakan bagi keluarga besar MTs yang telah lama berjuang untuk membawa nama Lembaga ini dari pelosok desa Paciran sampai akhirnya mendapat pengakuan sebagai sekolah unggul ditingkat provinsi. Penghargaan ini menjadi modal penting bagi MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem untuk terus bekerja dan berkarya bagi agama, bangsa, negara, dan tentunya untuk Muhammadiyah tercinta.

MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem menempati lahan seluas 2.355 m2. Diantaranya 840 m2 bangunan Gedung, 400 m2 halaman sekolah dan lapangan olahraga serta 1.115 m2 belum terpakai. di MTs berdiri bagunan Gedung lantai 3 yang terdiri dari ruang perkantoran, 18 ruang kelas, Lab. IPA, Lab. Komputer, Perpustakaan, dan masjid.

MTs Muhammadiyah 2 terletak di koordinat lintang : -6.87503 dan bujur : 112.340624, beralamatkan di jalan pondok RT. 02 RW. 06 Kompleks Pondok Pesantren Karangasem desa Paciran kecamatan Paciran kabupaten Lamongan.

Pada tahun 2009 MTs yang berada di Kawasan pantura kota lamongan ini, memiliki 166 siswa dengan jumlah rombongan belajar 6 kelas. 10 tahun kemudian tepat di tahun 2019 ini (2010-2019), MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem melakukan perubahan besar dan mendasar yang berorientasi kepada sekolah berbasis Tahfidhul Quran dengan mengedepankan pelayanan prima, ditambah lagi dengan di bukanya 2 jurusan kelas khusus yakni kelas ITCP (Information Technology Class Program) dan kelas ICP (International Class Program). buah perubahan itu ditandai dengan meningkatnya kepercayaan masyarakat. Kini MTs Muhammadiyah 2 mendidik 430 siswa dengan 18 romongan belajar serta tenaga pendidik berjumlah 41 dan tenaga kependidikan berjumlah 6. Diantar guru-guru yang mengajar di MTs ini merupakan para Muhaffidh Al Quran sehingga sangat mendukung program sekolah yang berorientasi kepada sekolah berbasis Tahfidzul Quran.

Status kelembagaan MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem , terakreditasi A dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah/ Madrasah (BAN-S/M). MTs ini dalah pelopor penerapan sekolah berbasis Internasional dan teknologi di lingkungan Kabupaten Lamongan, serta pelopor sekolah berbasis internasional yang mewajibkan peserta didiknya berasrama (mondok) dan menghafal Al Quran dengan lancar di Provinsi Jawa Timur. Sebagai wujud komitmen dari program sekolah berbasis Tahfidhul Quran, MTs Muhammadiyah 2 Pondok Karangasem sudah banyak sekali melahirkan para muhafidh-muhafidh yang telah hafal 30 juz. Dari segi prestasi akademik dan non akademik, peserta didik MTs Muhammadiyah 2 juga tidak bisa dipandang sebelah mata, mulai dari juara olimpiade Ismu Arabic tingkat Nasional, Juara Robotic tingkat Nasional, Juara Pildacil tingkat Nasional, Juara Tahfidh Hadits Tingkat Nasional, Juara Futsal tingkat Nasional dan masih banyak lagi prestasi yang diraih.